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  • 普通轉錄組測序

    普通轉錄組測序分析的研究對象為特定細胞在某一功能狀態(tài)下所能轉錄出來(lái)的所有mRNA的總和。轉錄組研究是基因功能及結構研究的基礎和出發(fā)點(diǎn),通過(guò)新一代高通量測序,能夠快速地獲得某一物種特定組織或器官在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉錄本序列信息。

    技術(shù)優(yōu)勢

     ·周期短,通量高,性?xún)r(jià)比高;

     ·準確的數字化信號,專(zhuān)業(yè)的檢測通量,廣泛的檢測范圍,富涵7大功能注釋數據庫,準確描述基因功能,建立差異表達分析,有效挖掘功能基因;

     ·適用于研究基因功能、信號通路、可變剪接和新轉錄本預測等問(wèn)題,是研究細胞表型和功能的重要手段。

    服務(wù)流程

    樣本要求

    樣本類(lèi)型

    樣本要求

    保存及運輸條件

    說(shuō)明內容

    新鮮組織

    新鮮組織標本(腫瘤樣本在術(shù)后30分鐘內取得)≥50 mg(黃豆粒大?。┛刹捎靡韵路椒ǎ?/span>

    1.RNAlater:尤其適用于腫瘤組織,離體后于冰上快速切成小塊,組織塊直徑最好介于1-5 mm(小米至綠豆大?。?,浸泡在5倍體積的RNAlater中,充分浸潤(最好 4℃過(guò)夜,以保證浸潤效果),-80℃保存;如果是腫瘤樣本,應盡可能準確地判定腫瘤組織和正常組織。

    2.TRIzol:在冰上快速分成小塊,組織塊直徑最好不大于5 mm(綠豆大?。┙萦赥RIzol中,凍存管或者離心管封口膜封好后送樣。

    3.液氮:離體后液氮速凍充分,預冷凍存管,將組織轉移至凍存管中,液氮可長(cháng)期保存。

    干冰運輸

    建議樣本備份1-2份,收樣后立即提取。

    細胞

    提取mRNA需細胞數量>5×106個(gè),lncRNA需>1×107個(gè)。

    1.懸浮細胞收集用PBS緩沖液快速洗一次,每5×106個(gè)細胞加入1 mL TRIzol,用移液器吹散,溶液呈清亮不粘稠狀;-80℃保存不超過(guò)1個(gè)月;

    2.貼壁細胞需將培養基盡量吸棄;按每10 cm2培養面積(相當于六孔板一個(gè)孔或35 mm直徑培養皿)加1 mL TRIzol;移液器反復吹打,使TRIzol完全接觸長(cháng)有細胞的培養瓶表面,充分消化;轉移到RNase-free的離心管中,用一次性注射器反復吹打細胞直至看不見(jiàn)成團的細胞塊,整個(gè)溶液呈清亮不粘稠狀,-80℃保存。

    干冰運輸

    建議樣本備份1-2份,收樣后立即提取。

    外周血(RNA

    1.TRIzol:15 mL管中加入6 mL TRIzol和2 mL新鮮血液(TRIzol:血液=3:1),移液器吹打以幫助裂解樣品中的細胞;樣品劇烈震蕩混勻1-2 min,直到絮狀物全部溶解;室溫孵育5 min 使核蛋白體完全分解;封口膜封存,-80℃凍存。

    注意:冰凍血液溶解過(guò)程中會(huì )有破碎的細胞釋放RNA酶,因此建議在冰凍前加入TRIzol,切勿直接凍存新鮮血液,保存好的血液應避免反復凍融。離心得到白細胞或有核細胞,可加TRIzol,-80℃保存,干冰運輸。

    2. BD PAXgene Blood RNA Tube:人類(lèi)血液樣本推薦使用,采集量為2 mL左右,18-25℃可保存3天,2-8℃可保存5天,-20℃或-70℃至少可穩定50個(gè)月。

    3.使用RNAlock血液RNA穩定劑保存,新鮮抗凝血液:血液RNA穩定劑=1:3,蓋上管蓋,上下顛倒混勻8-10次。室溫放置2 h以上后低溫保存;含有血液RNA穩定劑的人血液樣品可在2-8℃保存5天,或在-20℃條件下至少保存三個(gè)月;含有血液RNA穩定劑的哺乳動(dòng)物血液樣品可在15-25℃保存2天,2-8℃保存7天,或在-20℃條件下至少保存六個(gè)月。

    TRIzol保存法需干冰運輸;BD PAXgeneBlood RNA Tube 保存法可使用足量冰袋,用泡沫箱運輸。

     

    Total

    RNA

    總RNA溶解于DEPC水或者RNase-free的緩沖液中??偭?ge;2 μg;純度OD260/280≥2.0;完整性RIN≥8.0;濃度≥100 ng/μL。

    使用1.5 mL或2 mL離心管盛放,用parafilm封口膜密封,然后將樣本管置于保護用的50 mL離心管或其他類(lèi)似容器里,并旋緊蓋子。使用足量冰袋,用泡沫箱運輸。

     

     

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