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LncRNA
LncRNA(long non-codingRNAs)長(cháng)鏈非編碼RNA是一類(lèi)長(cháng)度大于200nt但不編碼蛋白質(zhì)的RNAs,廣泛存在于動(dòng)植物中。在生物的生命活動(dòng)過(guò)程中起著(zhù)重要的調控作用,LncRNA測序針對有參考基因組樣本開(kāi)展準確的lncRNA鑒定和lncRNA靶基因預測,同時(shí)提供針對測序數據中mRNA的分析結果,更廣泛應用于醫學(xué)、農學(xué)研究領(lǐng)域。
技術(shù)優(yōu)勢
· 周期短,通量高,信息全;
· 不限于對已知lncRNA的研究分析,并設置嚴格的篩選條件預測新的lncRNA;同時(shí)可得到mRNA數據,可開(kāi)展lncRNA與mRNA的關(guān)聯(lián)分析,深入分析 lncRNA調控網(wǎng)絡(luò );
· 利用高通量測序技術(shù),可以一次性獲得單堿基分辨率的lncRNA序列信息,有利于提高后續分析結果的準確性和綜合性;
· 可以對包括人類(lèi)、動(dòng)植物在內的許多物種的lncRNA進(jìn)行鑒定和分析。
服務(wù)流程
樣本要求
樣本類(lèi)型 |
樣本要求 |
保存及運輸條件 |
說(shuō)明內容 |
新鮮組織 |
新鮮組織標本(腫瘤樣本在術(shù)后30分鐘內取得)≥50 mg(黃豆粒大?。┛刹捎靡韵路椒ǎ?/span> 1.RNAlater:尤其適用于腫瘤組織,離體后于冰上快速切成小塊,組織塊直徑最好介于1-5 mm(小米至綠豆大?。?,浸泡在5倍體積的RNAlater中,充分浸潤(最好4℃過(guò)夜,以保證浸潤效果),-80℃保存;如果是腫瘤樣本,應盡可能準確地判定腫瘤組織和正常組織。 2.TRIzol:在冰上快速分成小塊,組織塊直徑最好不大于5 mm(綠豆大?。┙萦赥RIzol中,凍存管或者離心管封口膜封好后送樣。 3.液氮:離體后液氮速凍充分,預冷凍存管,將組織轉移至凍存管中,液氮可長(cháng)期保存。 |
干冰運輸 |
建議樣本備份1-2份,收樣后立即提取。 |
細胞 |
提取mRNA需細胞數量>5×106個(gè),lncRNA需>1×107個(gè)。 1.懸浮細胞收集用PBS緩沖液快速洗一次,每5×106個(gè)細胞加入1 mL TRIzol,用移液器吹散,溶液呈清亮不粘稠狀;-80℃保存不超過(guò)1個(gè)月; 2.貼壁細胞需將培養基盡量吸棄;按每10 cm2培養面積(相當于六孔板一個(gè)孔或35 mm直徑培養皿)加1 mL TRIzol;移液器反復吹打,使TRIzol完全接觸長(cháng)有細胞的培養瓶表面,充分消化;轉移到RNase-free的離心管中,用一次性注射器反復吹打細胞直至看不見(jiàn)成團的細胞塊,整個(gè)溶液呈清亮不粘稠狀,-80℃保存。 |
干冰運輸 |
建議樣本備份1-2份,收樣后立即提取。 |
外周血(RNA) |
1.TRIzol:15 mL管中加入6 mL TRIzol和2 mL新鮮血液(TRIzol:血液=3:1),移液器吹打以幫助裂解樣品中的細胞;樣品劇烈震蕩混勻1-2 min,直到絮狀物全部溶解;室溫孵育5 min使核蛋白體完全分解;封口膜封存,-80℃凍存。 注意:冰凍血液溶解過(guò)程中會(huì )有破碎的細胞釋放RNA酶,因此建議在冰凍前加入TRIzol,切勿直接凍存新鮮血液,保存好的血液應避免反復凍融。離心得到白細胞或有核細胞,可加TRIzol,-80℃保存,干冰運輸。 2.BD PAXgene Blood RNA Tube:人類(lèi)血液樣本推薦使用,采集量為2mL左右,18-25℃可保存3天,2-8℃可保存5天,-20℃或-70℃至少可穩定50個(gè)月。 3.使用RNAlock血液RNA穩定劑保存,新鮮抗凝血液:血液RNA穩定劑=1:3,蓋上管蓋,上下顛倒混勻8-10次。室溫放置2h以上后低溫保存;含有血液RNA穩定劑的人血液樣品可在2-8℃保存5天,或在-20℃條件下至少保存三個(gè)月;含有血液RNA穩定劑的哺乳動(dòng)物血液樣品可在15-25℃保存2天,2-8℃保存7天,或在-20℃條件下至少保存六個(gè)月。 |
TRIzol保存法需干冰運輸;BD PAXgene Blood RNA Tube保存法可使用足量冰袋,用泡沫箱運輸 |
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TotalRNA |
總RNA溶解于DEPC水或者RNase-free的緩沖液中。純度OD260/280≥2.0;濃度≥100 ng/μL。 所需樣本量與樣本降解程度,即RIN值的大小有關(guān):RIN≥8.0,總量≥3 μg;RIN在6.0-8.0之間,總量≥4 μg;RIN<6.0,總量≥6 μg。lncRNA測序采用ribo-zero方法去除rRNA。RIN<6.0的降解比較嚴重的RNA樣本建議采用Ribo-Zero方法建庫,不建議用TruSeq方法。 |
使用1.5 mL或2 mL離心管盛放,用parafilm封口膜密封,然后將樣本管置于保護用的50 mL離心管或其他類(lèi)似容器里,并旋緊蓋子。使用足量冰袋,用泡沫箱運輸。 |
Ribo-Zero法適用于降解樣本(低RIN值)RNA測序、lncRNA測序等。 |